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前不久，咱们给老师们介绍过基因表达可视化的多种实现方式，有windows操作的IGV，也有Linux环境下使用的工具。很快小欧在后台收到很多老师的需求，希望有更详细IGV教程。于是小欧马不停蹄赶工出来，咱们一起来看看吧~
1、简介：Integrative Genomics Viewer (IGV) 是一种高性能、易于使用的交互式工具，用于对基因组数据进行可视化探索。它支持所有常见类型的基因组数据和metadata的灵活集成。
2、功能：IGV支持各种各式的大型数据集的可视化，包括二代测序，芯片测序数据和基因组数据等。例如，查看转录组数据不同区域的Reads丰度，不同样本的基因表达差异，查找SNP位点，查看甲基化，查看基因结构信息。
IGV 有下载文件的需求，所以要通过网络访问权限哦，然后根据提示一步步安装即可。
1、设置放大倍数，设置在5-8之间可以比较清晰的查看reads的分布状况，也可以通过双击选中区域进行放大；
4、样品bam文件：本次测序的reads经与参考基因组比对后的结果，可得到其在染色体上的分布情况；
既可以导入IGV自带的参考基因组文件，也可以从本地导入已下载好的参考基因组文件。
可在基因组选择框中选择自己数据对应的基因组，或下拉框中输入关键词选择对应的基因
从本地导入基因组文件的同一路径，还要准备好基因组的gtf注释文件或者gff注释文件，基因组文件通过Genomes→Load Genome from File... 加载，注释文件需要通过File→ Load from File... 加载；加载注释文件过程中会有提示需要建立gff文件的索引，可根据提示操作即可。
选择的基因组区域过大，reads覆盖区会出现“Zoom in to see coverage” 的字样，只需增加放大倍数即可。
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